In Deutschland werden über 90% der landwirtschaftlich genutzten Fläche durch nur sechs Feldfruchtarten abgedeckt: Weizen, Mais, Gerste, Raps, Kartoffel und Zuckerrübe. Global zählen zu den dominierenden Feldfruchtarten darüber hinaus Reis, Soja, Baumwolle, Zuckerrohr und Sonnenblumen. Hohe Erträge gehen häufig mit einem hohen Einsatz von synthetischen Pflanzenschutz- und Düngemitteln einher. In vielen Regionen ist zudem auch künstliche Bewässerung erforderlich. Selbst in gemäßigten Klimazonen kommt es durch die Häufung extremer Wetterlagen oder das Auftreten neuer Schädlinge und Krankheitserreger in den letzten Jahren zu erheblichen Ertragseinbußen. Landwirtschaftliche Monokulturen und Pestizideinsatz werden zudem als wichtige Faktoren für den Verlust an Artenvielfalt diskutiert.
CEPLAS erforscht die Evolution, Domestizierung und Anpassung von Nutpflanzen an sich verändernde Umweltbedingungen. Dabei richtet sich der Blick auch auf Feldfruchtarten, die in der Landwirtschaft bislang eine untergeordnete Rolle spielen, jedoch Eigenschaften mitbringen, die für die menschliche Ernährung und die Verbesserung der Nachhaltigkeit wichtig sein könnten. So wird beispielsweise die Anpassung von Amaranth und Quinoa an verschiedene landwirtschaftliche Produktionssysteme untersucht.
Nicht nur die Einführung neuer Feldfruchtarten wird als Element zum Erhalt der Biodiversität gesehen. Auch ein grundsätzliches Verständnis der Entwicklung von Ökosystemen auf landwirtschaftlich genutzten Flächen ist erforderlich. Bei CEPLAS werden Grundlagen zur Bewahrung natürlicher ökologischer Vielfalt unter landwirtschaftlichen Produktionsbedingungen mit Hilfe ökogenetischer Ansätze erforscht.