Damit ein nachhaltiger Strukturwandel gelingen kann, bedarf es einer effizienten und logisch zusammenhängenden Innovationspolitik. Dies verdeutlichen beispielsweise Fallstudien zu unterschiedlichen Technologien wie biobasierten Kraftstoffen oder Elektromobilität. Im ersten Fall haben etwa uneinheitliche und vor allem unvorhersehbare Änderungen der staatlichen Anreize (z.B. ein plötzlicher Wegfall von steuerlichen Vergünstigungen) die anfänglich positiven Entwicklungen in der norwegischen Biokraftstoffindustrie stark eingeschränkt. Die zielorientierte Gestaltung solcher Politikmaßnahmen setzt jedoch fundiertes Wissen im Hinblick auf die entsprechenden Transformationspotentiale und -hindernisse voraus.
Hierzu kann der Fortschritt des Transformationsprozesses bspw. anhand der zunehmenden Integration der bioökonomischen Aktivitäten in bereits bestehende Kontexte eines Innovationssystems, wie zum Beispiel, in Forschungsnetzwerke oder (regionale) technologische Räume, nachvollzogen werden. Ohne eine solche umfassende Integration wäre der gesellschaftliche Wandel hin zu einer biobasierten Ökonomie nur schwer vorstellbar, da dies lediglich „Insellösungen“, d.h. unverbundene Einzellösungen, schaffen würde. Relevant sind somit nicht primär isolierte Aktivitäten, sondern vielmehr die Verzahnung mit anderen Akteuren, Technologien und Sektoren, durch die sich das deutsche Innovationssystem strukturell verändern kann.
Der Wandel hin zur Bioökonomie bringt folglich neben ökologischen und wirtschaftlichen Chancen auch einige Herausforderungen mit sich. Mithilfe eines Vergleichs verschiedener (deutscher, aber auch internationaler) Regionen und Wirtschaftszweige können potenzielle Stellschrauben erkannt, durch die innovationspolitische Maßnahmen hergeleitet und demzufolge zielgenau eingesetzt werden. Solche Erkenntnisse tragen dazu bei, die bestehenden Markt-, System-, und Transformationsfehler zu adressieren und den bioökonomischen Strukturwandel erfolgreich zu gestalten.
