Mit dem Ausbau der Bioökonomie, der das notwendige Ersetzen fossiler durch nachwachsende Rohstoffe vorantreibt, erhöht sich der Nutzungsdruck auf eine begrenzte land- und forstwirtschaftliche Fläche. Es kann daher zu einer Zuspitzung bereits vorhandener Nutzungskonflikte kommen, möglicherweise auch zur Verdrängung einzelwirtschaftlich weniger profitabler Nutzungsarten, wie beispielsweise extensiver Weidehaltung.
Aus gesamtgesellschaftlicher Sicht würden die Ziele einer nachhaltigen Bioökonomie aber verfehlt, wenn das mit einem weiteren Biodiversitätsverlust einherginge. Die Landnutzung ist weltweit der größte Treiber des Biodiversitätswandels, und insbesondere die intensive Landwirtschaft oft Treiber von Biodiversitätsverlust. Mit der Artenvielfalt in der Agrarlandschaft verschwindet nicht nur ein Wert an sich, sondern auch die Güter und Leistungen, die eine intakte Natur allen zur Verfügung stellt.
Die Liste ist lang: Viele Feldfrüchte hängen von der Bestäubung von Insekten ab, Vögel regulieren Schädlingspopulationen und vielfältige Agrarlandschaften stiften Erholung oder kulturelle Identität. Dazu kommt: Je vielfältiger die Ökosysteme, desto widerstandsfähiger sind diese gegen Umweltveränderungen, wie Dürren oder die Ausbreitung von gebietsfremden Arten, sodass sich der Schutz und die Bereitstellung von Biodiversität, als Investition in eine natürliche Versicherung begreifen lässt.