Der Bioökonomie wird ein potenziell hoher Beitrag zur Bewältigung ökonomischer, gesellschaftlicher und ökologischer Herausforderungen zugeschrieben. Für die Realisierung dieser Potenziale sind politische Maßnahmen von hoher Bedeutung. Denn es gibt eine Reihe von Hemmnissen in der Entwicklung der Bioökonomie. So sind z. B. biobasierte Produkte in vielen Fällen aktuell nicht (kosten-) wettbewerbsfähig mit fossil-basierten Produkten, und können sich bei den gegenwärtigen Rahmenbedingungen in den Märkten nicht durchsetzen.
Wie intensiv und in welcher Rolle der Staat in der Bioökonomie aktiv werden soll, ist aber nicht unumstritten. Zum einen wird generell kontrovers diskutiert, inwieweit der Staat in eine Vielzahl von Märkten durch industriepolitische Maßnahmen verstärkt eingreifen soll. Zum anderen sind bio-basierte Produkte und Prozesse nicht unbedingt nachhaltig, sondern den oftmals positiven Bilanzen zur CO₂ -Minderung stehen zum Beispiel potenzielle negative Folgen wie die Versauerung von Böden oder Monokulturen gegenüber.